Князья Шуйский и Воротынский обсуждают, что после смерти последнего законного царя Феодора у власти может быть только брат царицы Борис Годунов, но он не соглашается. В следующей сцене из разговоров народа становится ясно, что Борис станет царем. Борис в Кремле говорит боярам, что не рвался к власти и принимает ее со страхом и смирением.
Келья Чудова монастыря. Старец Пимен заканчивает летопись, а молодой монах Григорий просыпается из-за страшного сна. Пимен вспоминает молодость и рассказывает, что был в Угличе в момент убийства Дмитрия и точно знает, что убийца Борис. Вспоминая возраст царевича, он говорит, что Григорий его ровесник. В следующей сцене из разговора патриарха и игумена ясно, что Григорий сбежал из монастыря.
Царские палаты. Борис уже шесть лет у власти, и он разочарован: он делает все для народа, но его только проклинают. Он считает, что причиной является его нечистая совесть.
Григорий переходит литовскую границу, несмотря на то, что для его поимки выставлены заставы.
В палатах Шуйского Пушкин рассказывает хозяину, что ему пришла весть из Кракова, что Дмитрий жив. Оба задумываются о перевороте. Борис Годунов узнает о сношениях Шуйского и Пушкина с Литвой. Шуйский рассказывает о самозванце. Борис смущен и даже думает, что Дмитрий может быть жив, но Шуйский убеждает его, что тот мертв.
Самозванец в Кракове собирает товарищей для похода на Москву, среди них представители русских и польских родов. По пути в Москву, в доме Мнишка Самозванец оказывает знаки внимания дочери хозяина Марине. Честолюбивая Марина склоняет его скорее выступать в поход. Влюбленный Самозванец сознается, что он не настоящий царевич. Марина мирится с этим, видя как он уверен в свой судьбе.
Самозванец с войском пересекает границу, а царь Борис готовится отражать его атаку. Однако Дмитрий одерживает победу. Самозванец допрашивает пленника, тот говорит, что у царя большое верное войско. Самозванец терпит поражение.
В Москве юродивый называет Бориса убийцей. Царь внезапно сражен ударом, он умирает. Последние его слова обращены к сыну, он призывает всех поклясться в верности ему. Но тот вскоре предан, союзник Лжедмитрия Пушкин призывает народ поклониться новому царю, народ верит и свергает Федора.
Финальная сцена. Один из приближенных Лжедмитрия на площади сообщает, что Федор отравился ядом, народ отвечает молчанием.
Трагедия поднимает проблему власти и человека: человек, наделенный властью, практически всегда несчастен, потому что она неотделима от жертв.
