Повесть «Пунин и Бабурин» начинается с того, что пожилой и больной человек по имени Петр Петрович вспоминает самые яркие события своей жизни.
Будучи двенадцатилетним мальчиком, Петя в усадьбе своей бабушки познакомился с двумя неординарными личностями, Бабуриным и его другом Пуниным, которого тот опекал и содержал, считая, что бедные должны помогать бедным.
Мальчик и Пунин много времени проводили за чтением книг и стихов. Но вскоре между бабушкой и Бабуриным возник конфликт и ему было отказано от места.
Через 7 лет они случайно встретились в Москве. У стариков в это время воспитывалась девушка-сирота Муза, в которую был влюблен друг Петра студент Тархов. В процессе воспитания девушки Батурин стал испытывать к ней далеко не отеческие чувства и вскоре сделал предложение. Но Муза сбежала к молодому возлюбленному.
Бабурин почернел и окаменел, но попыток вернуть свою воспитанницу не предпринимал.
Новая встреча героев произошла уже в 1849 году в Петербурге во время похорон Пунина. Оказалось, что Муза все-таки стала женой Бабурина после того, как ее бросил возлюбленный. Вскоре Бабурина арестовали за его революционные убеждения и сослали в Сибирь, где он и умер после того, как осуществилась мечта всей его жизни: с отменой крепостного права в России больше не стало рабов.
Повесть учит любви к ближнему, необходимости достойной жизни для всех людей.