События разворачиваются в немецком городе Любеке. Роман начинается в 1835 году с переезда уважаемой семьи торговцев Будденброков в новый дом. Семью возглавляют старый Иоганн Будденброк и его жена Антуанетта. У их младшего сына Иоганна и его жены Элизабет трое детей: Томас десяти лет, Антония (Тони) восьми лет и Христиан семи лет.
Новоселье омрачается письмом от старшего сына – Готхольда. Когда-то он женился на лавочнице и был изгнан из семьи. Теперь Готхольд требует от старого Будденброка выплатить ему часть стоимости нового дома. Посоветовавшись с сыном, старик решает отказать в просьбе, чтобы не лишать денег семейную торговую фирму.
Проходит два года. У молодого Иоганна Будденброка появляется дочь Клара, о чем делается соответствующая записи в тетради с семейной родословной. Через несколько лет уходят из жизни старые родители, и их сын Иоганн делается главой фирмы. Он не выделяет старшему брату его долю наследства, но когда Готхольд продает свою лавку, он и его дети снова приняты в большую семью Будденброков. Томаса начинают знакомить с семейным делом. Антония растет самоуверенной и заносчивой, считая, что ее шалости могут остаться безнаказанными из-за высокого положения семьи. Родители отправляют ее в пансион Зеземи Вейхбродт.
Когда Антонии исполняется восемнадцать лет, ее настойчиво уговаривает выйти за него замуж некий господин Грюнлих. Он не нравится девушке, но родители желают этого брака. Они отправляют дочь на время к морю, чтобы она могла спокойно все обдумать. Антония живет в семье лоцмана Шварцкопфа. Она знакомится с его сыном, студентом Моргеном. Постепенно между молодыми людьми зарождается искреннее чувство, и Тони готова бороться за свое счастье. Вернувшись домой, она случайно находит семейную тетрадь с родословной и, читая ее, понимает, что является частью этого рода и должна способствовать его славе и процветанию. Поэтому Тони принимает предложение Грюнлиха.
Семейная жизнь Антонии складывается не очень счастливо: ее муж, так добивавшийся их брака, обращает на нее мало внимания. Не спасает положение рождение дочери Эрики. Однажды выясняется, что Грюнлих – банкрот, и его разорение лишь на несколько лет было отсрочено удачной женитьбой. Иоганн Будденброк мог бы помочь ему, но он отказывается это сделать, так как и у Тони нет желания оставаться с мужем. Он помогает дочери оформить развод и забирает ее и внучку в свой дом.
Иоганн Будденброк умирает в 1855 году. Главой семейного дела становится Томас, серьезный и практичный. Его брат Христиан, напротив, окончив обучение, не стремится приумножать семейный капитал: он любит проводить время за развлечениями. Младшая дочь Клара выходит замуж за пастора Тибуртиуса и уезжает с ним в Ригу. Том женится на подруге Тони по пансиону Герде Арнольдсен, богатой наследнице.
Тони уезжает погостить в Мюнхен, где знакомится с Алоизом Перманедером. Его манеры нельзя назвать идеальными, но Тони выходит за него замуж. Но и этот брак оказывается несчастливым: их ребенок рождается мертвым, их семья живет совсем не так блестяще, как она привыкла. Однажды Тони застает пьяного мужа, который хочет поцеловать служанку. Она подает на развод и возвращается домой.
У Тома, ставшего сенатором, рождается сын и наследник, названный Иоганном, сокращенно – Ганно. Том решает построить новый роскошный дом. Клара умирает, делая своим наследником мужа. Томас очень огорчен, что большая сумма денег ушла из семьи. Христиан продолжает бездельничать и, поссорившись с братом, уезжает в Гамбург. Выросшая Эрика выходит замуж за г-на Вейншенка, в их семье рождается дочь Элизабет.
Том все больше впадает в депрессию: доходы фирмы падают, конкуренты обгоняют его. Ганно растет впечатлительным и робким, он очень увлечен музыкой. Том не видит в сыне продолжателя семейного дела. Муж Эрики попадает в тюрьму по делу о растрате казенных средств.
Умирает старая Элизабет Будденброк, большой дом продан. Томас все чаще думает о смерти. Муж Эрики выпущен на свободу, но он не возвращается в семью.
Томас умирает, и фирма, по его распоряжению, должна быть ликвидирована. В результате у семьи практически не остается прежнего солидного состояния. Христиан женится на женщине с сомнительной репутацией, которая вскоре помещает его в лечебницу.
В пятнадцать лет Ганно умирает от тифа, на нем мужская линия семьи Будденброков прерывается. Его мать Герда уезжает. Оставшиеся дамы во главе с Тони продолжают собираться вместе, вспоминая прошлое и надеясь на возрождение величия семьи.
В своем первом крупном произведении Томас Манн старался выяснить причины упадка и гибели семейства Будденброков, параллельно показывая картину жизни общества тех лет. На смену бюргерству с его бережливостью и усердием приходит эпоха империализма. Новые поколения семьи не способны продолжать дело отцов, они окунаются в праздность, роскошь, музыку, философствование, отрываются от реального мира. Потомки Будденброков не только не способны к коммерции, они не находят опоры в жизни вообще и трагически и случайно уходят из нее.