Доктор Бомгард счастлив: спустя полтора года работы его перевели в уездный город, где есть свежие газеты, электричество, а главное – он больше не единственный врач в больнице. Но однажды университетский товарищ Сергей Поляков присылает ему странное письмо. Поляков просит Бомгарда срочно приехать к нему на участок, потому что заболел тяжело, и никто кроме сокурсника ему не поможет.
Бомгард мысленно ругает Полякова, ведь он не может подыскать ни одной болезни, с которой лекарь не смог бы приехать к нему в город самостоятельно, а дорога в провинциальную больницу займёт минимум два дня. Но ехать уже никуда не нужно. На утро Полякова доставляют с тяжёлым ранением, и он умирает на руках у врачей, успев передать Бомгарду свой дневник.
Далее доктор читает дневник Сергея Полякова, и повествование происходит от его лица. После распределения он, как и все, попал в далёкий глухой участок. С врачами он сходился плохо, исключение составляла молодая фельдшерица Анна Кирилловна. Однажды лекарю так скрутило живот, что ей пришлось сделать ему укол морфина. Боли прошли, Поляков заснул. Ему стало легко, и бросившая его жена, оперная певица, не так сильно расстраивала. На следующий день врач сам сделал себе укол. Он был уверен, что в любой момент сможет остановится.
Анна Кирилловна стала тайной женой доктора, готовила ему растворы. Она первая поняла, что Сергей уже не сможет бросить, пыталась помешать ему. Но ничего не помогало. Поляков ездил в Москву лечиться, но сбежал из клиники, украв весь морфий. Он не заметил, как прошла революция.
В душе у лекаря проходила ожесточенная борьба. Он то осознавал весь ужас своего положения, то, сделав укол, решал бороться, продолжать жить так, делать операции. Полякову начали сниться красочные сны, где пела его жена, слышались голоса, он видел галлюцинации.
В конце врач смог продержаться без морфина 14 часов, что было для него рекордной цифрой. Он решил, что продолжать такую жизнь – позор, что он погубил и себя, и Анну. На рассвете доктор Сергей Поляков застрелился.
Позже Бомгард напечатал дневник своего друга, потому что он не потерял своей актуальности и не теряет до сих пор. «Морфий» учит и наглядно показывает, в какое страдание превращается жизнь человека, пристрастившегося к наркотикам.
