Книга переносит нас в 1458 год. Оставив промысел купца, Афанасий Никитин покидает родной город Тверь, чтобы отправиться в Ширванскую землю (ныне Азербайджан). Путь он держит не сам – с ним его купцы на двух кораблях. Мимо Углича, по Волге и до Костромы плывут они до владений князя Ивана III и дальше по реке. Посол самого князя направляется вперед, а Афанасий решает дождаться Хасен-бека, что служит татарским посланником. Афанасий Никитин, за время плавания, делает несколько путевых заметок: о Дербентском (Каспийском) море, называя его «дарьей», что в переводе с персидского означает – море. Описывает он и дарью Гундустанскую (Индийское море) и дарью Стамбульскую (Черное море).
Внезапно путников настигают татары: они грабят судна, убивают большую часть команды, оставшихся берут в плен. Благодаря прошению Никитина Хасен-беку и послу князя Ивана III Василию Панину, людей отпускают, но не имея больше имущества, они расходятся кто куда.
Афанасий живет долгое время в различных больших и малых городах. Однажды в городе Джуннаре его жеребца отбирает хан, узнав, что Никитин не мусульманин, а русин. Он дает Афанасию четыре дня, чтобы обратиться в мусульманскую веру. На кануне последнего дня, в Спасов день, к Афанасию приходит Мухамед, возвращает жеребца, тем самым освобождает Никитина от обязательств. Афанасий считает, что Господь сжалился и случилось чудо Спасового дня.
Никитин снова отправляется в путь, описывая при этом жизнь народов Индии. Что простые люди ходят без одежды, а бой ведут верхом на слонах, что в Индии аж семьдесят четыре веры, а люди разных конфесий друг с другом не якшаются. Сам повествователь сетует, что книги его священные пропали, а сам он сбился с церковного календаря — его приходиться определять день Пасхи по звездному нему. Это становиться причиной, для того, чтобы снова вернуться домой. По пути Афанасий снова обозревает все, что видит: город где производят шелк, где алмазы, предостерегая будущих мореплавателей от опасностей.
Так он добирается до Эфиопии, а позже плывет до Кафы, где его судно грабят, а самого Никитина принимают за врага. Молясь, чтобы Бог послал ему подходящую для плавания погоду, Афанасий заканчивает свое повествование.
«Хождение за три моря» — первое описание средневековой Индии европейцем, написанное с отсутствием расового подхода и толерантностью. Оно учит нас веротерпимости и раскрывает уникальность других народов.
