Драматические события разворачиваются в одном из столичных монастырей, где, спрятавшись от всех, сидит Борис со своей сестрой. Они отказались наследовать царский престол. Народ, приблизившись к стенам обители, слезно просят помолиться всех встречных за то, чтобы Годунов стал их царем. В этом они видели спасение Руси. Наконец, он дает согласие и вскоре проходит его коронование. Собравшиеся жители воспевают ему хвалебные речи.
А в далеком Чудовом монастыре, в своей келье создает летопись старец Пимен. Тут же отдыхает юный монах Гришка. Вдалеке слышны вечерние молитвы. Неожиданно, молодой человек очнулся и, заметив, что Пимен не спит, говорит ему, что ему привиделся необычный сон. Он рассказал его старцу, попросив разъяснить увиденное. Пимен начинает вспоминать, какие события протекали много лет назад. Пред ним возникают лица царей, которые оставили власть и ушли в иночество. Юноша с огромным интересом слушает повествование Пимена о гибели царевича в младенчестве. Вот тут иноку и приходят на ум нехорошие мысли.
Вот мы видим, как на границе с Литвой находится питейное заведение, где сидят два беглых монаха. С ними находится Григорий. Мисаил и Варлаам угощаются вином и распевают песни. Юноша же сидит и думает, как бы выдать себя за умершего царевича. Он интересуется у хозяйки, как ему удобнее добраться до Литвы. Женщина объясняет ему, как безопасно можно дойти до назначенного места. Неожиданно приходят приставы, которые с осторожностью присматриваются ко всем сидящим в заведении, в особенности к монахам. Подойдя к ним, служители порядка показывают им указ о задержании монаха, бежавшего из Чудова монастыря. Вдруг они обращают внимание на молодого монаха, сидящего неподалеку от других посетителей. И как только приставы хотели поинтересоваться, кто это, как Григорий выскочил через окно.
Параллельно с этими событиями предстает в Кремле в своих покоях царевна Ксения, опечалившая внезапной смертью своего возлюбленного. Рядом с ней находится ее брат Федор, занятый чтением книги. Тут же няня правительницы сидит и рукодельничает. Прислуга пытается хоть как-то рассмешить Ксению. К ним присоединяется и царевич. Через некоторое время в их комнату заходит Борис Годунов, который в ходе своего визита интересуется успехами своих детей. Но, как бы, ни старался он отвлечь себя посторонними интересами от государственных дел, никак не получалось. Ежедневно он думал о будущем страны. Царю кажется, что неудачная судьба дочери, разруха и нищета в государстве — это наказание свыше за то, что он умертвил царевича Дмитрия. Вскоре к нему заявляется князь Шуйский, который извещает его о появлении самозванца. Годунов вновь требует у Василия рассказать момент гибели Дмитрия, и от этого еще больше мучается.
В польском же замке вся в думах сидит Марина Мнишек, которая мечтает захватить российский трон с помощью обручения с мошенником Григорием Отрепьевым. Вскоре она встречает самозванца, и они влюбляются. В Москве, на площади собора Василия Блаженного горожане обсуждают важные вести о внезапном приближении армии самозванца. Перед народом в окружении свиты появляется правитель, который после обвинения безумного нищего в гибели Дмитрия, стоит долгое время в растерянности. Потом в хоромах Кремля Годунов выслушивает от старца всю правду о смерти царевича. После этого рассказа царь чувствует, что умрет, и поэтому отправляет слуг за своим сыном, чтобы завещать ему правление государством. Вскоре он отходит в мир иной. На границе же беглые монахи выступают против царя, рассказывая о бесчинствах, происходящих повсюду. Народ выступает за царевича Дмитрия. Самозванец же со своим войском направляется к Москве.
Произведение учит нас быть ответственными за свои поступки.
