Адной з цэнтральных праблем прыгодніцкай аповесці «Грот афаліны» з’яўляецца праблема руйнавання векавога спадчыннага ладу жыцця, натуральных стэрэатыпаў у адносінах людзей да прыроды, зямлі, працы, традыцый продкаў, чалавечага суіснавання.
Невялікае племя біргусцаў напаткала страшная трагедыя: султан Муту прадаў іх родны востраў Біргус амерыканцам, якія будуюць тут ваенна-марскую базу, ўсіх жыхароў высяляюць на суседнюю зямлю. Асноўныя калізіі ў аповесці разгортваюцца на фоне паступовага сталення 12-гадовага хлопца Янга Сінха, маленства якога прайшло побач з бацькамі і аднавяскоўцамі на адным з маляўнічых астравоў архіпелага Вясёлы, недзе паміж Індыяй і Інданэзіяй. Страціўшы бацькоў, Янг драматычна-балюча спазнае таямніцы дарослага жыцця, мужна трывае паўсядзённыя нязгоды, найвышэйшыя выпрабаванні ўласнага сумлення і годнасці, перажывае светлыя хвіліны першага кахання, трапляе ў складаныя і небяспечныя сітуацыі. Высакародныя жыццёвыя ідэалы дапамагае захаваць і памножыць яго родны брат – 20-гадовы Радж Сінх. Жыццёвы лёс зводзіць Янга, Раджа і яго сябра-аднагодку Амара ў адным горадзе на востраве Рай, і яны годна выходзяць у людзі, займаюць сваё месца ў новым для іх свеце.
Праблема маральнай разбэшчанасці, манкурцтва паказана ў аповесці праз вобраз Пуола. Вызначальнымі ў яго характары былі непрыстойнасць, напышлівасць, эгаізм, амбіцыйнасць, адсутнасць пачуццяў сумлення, спачування, сваяцтва.
Жаданне сустрэць свайго брата прыводзіць Янга на востраў Рай у дэльфінарый. У дэльфінаў развітае адчуванне радзіннасці і калектыву. Афаліны – высакародныя, удзячныя істоты, з адвостраным адчуваннем справядлівасці. Так Бобі ў знак цёплых, спагадлівых да сябе адносін вынес Янгу з дна гроту цацку – залатога самародка, падобнага на дракончыка. А пасля забойства Судзіра дэльфіны вырашылі загладзіць сваю віну самагубствам, выскачыўшы з разгону на пясок.
У аповесці глыбока асэнсаваны экалагічныя праблемы. Павел Місько свядома заканчвае аповесць трагічнай сцэнай забруджвання вострава Рай нафтай. Страшная катастрофа зраўняла ўсіх людзей, якія апынуліся ў невядомасці перад будучыняй.
